POP3 ja IMAPi peamine erinevus seisneb selles, kuidas e-posti kliendid ehk e-posti lugemise programmid kirjadega serveris käituvad.

POP3 (Post Office Protocol) protokolli kasutades laaditakse kõik kirjad serverist alla postkasti seadistamise asukohta (näiteks arvuti või telefon). Tänapäeval on POP3-e kasutades võimalik enamike programmide puhul muuta seadistusi ka selliselt, et allalaaditud kirjadest jääks koopia serverisse, samal ajal kui saadetud kirjad asuvad POP3 puhul ainult Sinu telefonis või arvutis.

IMAP (Internet Mail Access Protocol) protokolli kasutades ei laadita kirju serverist lõplikult alla ning vastuvõetud ja saadetud kirju hoitakse samaaegselt nii serveris kui ka selle lugemise tarkvaras. Seda protokolli kasutades saame me kirjadest igaöiseid varukoopiaid teha, mis on Sulle turvaline ja kasulik, juhuks kui Sinu arvuti peaks lõplikult otsad andma.